המטרה העיקרית של תכנית המחקר על קליטת עלייה היא לתרום ליכולתה של ישראל לקלוט בהצלחה עולים מאוכלוסיות חלשות. התכנית מתמקדת בעיקר בשתי קבוצות המתמודדות עם קשיים ניכרים בתהליך קליטתן בארץ: עולים מברית המועצות לשעבר, בעיקר אלו מן האזורים הדרומיים ועולים מאתיופיה.
האתגרים הכרוכים בקליטתם של עולים אלה ממשיכים לעמוד על סדר היום הציבורי. המכון מחויב לנושאים אלה באמצעות תכנית מתמשכת של מחקרים, השואפת לשפר את קליטתם ארוכת-הטווח של עולים אלה בכל תחומי החיים. המוקדים העיקריים הנם צרכים של ילדים בגיל הרך, ילדים ונוער בסיכון ותעסוקה. מוקד עיקרי בתחום זה הוא תפקיד המכון כיועץ לפורום הבין-משרדי על בני נוער עולים בסיכון.
המכון עושה מאמץ מיוחד לכלול עולים כאוכלוסיות מיוחדות במסגרת המחקרים הארציים המבוצעים בכל תכניות המחקר של המכון. כך מתקבלים נתונים השוואתיים על רווחתם של עולים ושל ותיקים, שהם חיוניים לפיתוח תכניות ומדיניות. בנוסף, המכון יוזם מחקרים מיוחדים המתמקדים בקבוצות עולים שונות.
המכון ערך סקירה מקיפה על קליטת עולי קווקז, בשיתוף עם הפדרציה היהודית של ניו יורק וג'וינט-ישראל. סקירה זו תופץ בהרחבה כבסיס ליצירת מדיניות בעבור אוכלוסייה זו.
