תכניות בין-תחומיות מתייחסות לסוגיות הרלבנטיות לכל תחומי המחקר במכון. תכניות אלה עובדות בשיתוף פעולה הדוק עם תכניות המחקר השונות ומנצלות את הידע והמומחיות של כל מרכזי המחקר במכון. התכניות עוסקות בהבטחת איכות בשירותים חברתיים; הערכת כוח אדם ותכנון חברתי; למידה מהצלחות ולמידה מתמשכת בארגונים חברתיים; שיתוף פעולה עם העולם היהודי; שיתוף פעולה בינלאומי ושיתוף פעולה במזרח התיכון.
2. הערכת כוח אדם ותכנון חברתי
3. למידה מהצלחות ולמידה מתמשכת בארגונים חברתיים
4. תעסוקה ועוני
5. שיתוף פעולה בינלאומי
6. שיתוף פעולה עם הקהילות היהודיות
7. שיתוף פעולה במזרח התיכון
8. האוכלוסייה הערבית בישראל
