המטרה העיקרית של התכנית לחקר מדיניות הבריאות היא לתרום לרפורמה במערכת הבריאות הממלכתית של ישראל באמצעות נתונים אובייקטיביים וניתוחים עצמאיים לשיפור הארגון, ההספקה  והמימון של שירותי הבריאות.

כיווני הפעולה העיקריים הם סיוע לממשלת ישראל בתהליך התכנון, ההפעלה וההערכה של המאמצים לבצע רפורמה במערכת הבריאות וסיוע לספקי  השירותים ולמבטחים לשפר את יעילותם ומועילותם.

פן בולט של התכנית הוא שהיא עוסקת בעת ובעונה אחת  בסוגיות מאקרו כלל-מערכתיות, מחד, ובבעיות המייחדות אוכלוסיות חלשות, מאידך. תמהיל ייחודי זה מאפשר לנו לקיים דיאלוגים משמעותיים עם הגופים המרכזיים הקובעים את מדיניות הבריאות הממלכתית, וכך לספק להם מידע על אוכלוסיות המתקשות, בדרך כלל, להשמיע את קולן באוזני קובעי המדיניות.

במישור הבינלאומי, המכון ממשיך בעבודתו המשותפת עם ארגון הבריאות העולמי ועם גופים בינלאומיים אחרים. המכון אוסף ומנתח את המידע על ישראל בעבור יוזמת אב"ע להערכת תפקוד מערכת הבריאות. כמו כן המכון מכין את הדוח של ישראל בעבור ארגון European Healthcare Observatory היוקרתי.

סדרה מיוחדת של דוחות ישראליים ובין-לאומיים על התפתחויות מרכזיות במדיניות ורפורמות בתחום הבריאות, בשיתוף ה-International Network on Health Policy and Reform.

כולל קישורים לכל הדוחות של מאיירס-ג'וינט-מכון ברוקדייל ל International Network on Health Policy and Reform.

עשור לחוק ביטוח בריאות ממלכתי 1995-2005 (ארבעה פרקים שהוכנו על ידי חוקרים ממרכז סמוקלר לחקר מדיניות בריאות עבור ספר שציין עשר שנים לכניסתו של חוק ביטוח בריאות ממלכתי לתוקף)

הרפורמה בבריאות הנפש: מסמך רקע לתכנון הערכתה הוגש לדיון בסדנה "סוגיות במחקר הערכת הרפורמה בבריאות הנפש" שהתקיימה ב-23 בינואר, 2008 במאיירס-ג'וינט-מכון ברוקדייל.