המטרה העיקרית של התכנית לחקר מדיניות הבריאות היא לתרום לרפורמה במערכת הבריאות הממלכתית של ישראל באמצעות נתונים אובייקטיביים וניתוחים עצמאיים לשיפור הארגון, ההספקה והמימון של שירותי הבריאות.
כיווני הפעולה העיקריים הם סיוע לממשלת ישראל בתהליך התכנון, ההפעלה וההערכה של המאמצים לבצע רפורמה במערכת הבריאות וסיוע לספקי השירותים ולמבטחים לשפר את יעילותם ומועילותם.
פן בולט של התכנית הוא שהיא עוסקת בעת ובעונה אחת בסוגיות מאקרו כלל-מערכתיות, מחד, ובבעיות המייחדות אוכלוסיות חלשות, מאידך. תמהיל ייחודי זה מאפשר לנו לקיים דיאלוגים משמעותיים עם הגופים המרכזיים הקובעים את מדיניות הבריאות הממלכתית, וכך לספק להם מידע על אוכלוסיות המתקשות, בדרך כלל, להשמיע את קולן באוזני קובעי המדיניות.
במישור הבינלאומי, המכון ממשיך בעבודתו המשותפת עם ארגון הבריאות העולמי ועם גופים בינלאומיים אחרים. המכון אוסף ומנתח את המידע על ישראל בעבור יוזמת אב"ע להערכת תפקוד מערכת הבריאות. כמו כן המכון מכין את הדוח של ישראל בעבור ארגון European Healthcare Observatory היוקרתי.
